Bertindak selaku Penggugat adalah SAFENET dan YLBHI yang menyatakan bahwa surat tersebut adalah bentuk kebijakan anti-sains yang telah melanggar kebebasan akademik, mencederai independensi sains serta bertentangan dengan Asas-Asas Umum Pemerintahan yang Baik.

Abdil menjelaskan, secara umum, ada empat alasan gugatan diajukan. Pertama, Menteri LHK melanggar hukum secara prosedural, kewenangan dan substansial. Sebagai contoh, pernyataan dalam surat KLHK bahwa temuan Erik Meijaard dkk adalah temuan dengan indikasi negatif dan dapat mendiskreditkan pemerintah dalam hal ini KLHK, telah melampaui wewenang sebagaimana diatur pada Pasal 17 ayat (2) huruf b Undang-Undang 30 Tahun 2014 tentang Administrasi Pemerintahan.

Kedua, surat KLHK tersebut telah bertentangan dengan Asas-Asas Umum Pemerintahan yang Baik (AUPB), yaitu asas kemanfaatan, kecermatan, tidak menyalahgunakan kewenangan, keterbukaan, serta kepentingan umum. Surat tersebut tidak memiliki ratio legis yang harmonis dengan peraturan perundang-undangan di atasnya. Selain itu, tindakan mengeluarkan SK tersebut adalah bentuk tindakan penyalahgunaan wewenang yang bertentangan dengan peraturan perundang-undangan. 

Akibatnya kata Abdil, membatasi ruang kebebasan akademik yang melanggar prinsip kelima Surabaya Principle of Academic Freedom (SPAF), yaitu melakukan pembatasan dan penggunaan otoritas di luar lingkup kewenangan yang mana merugikan kepentingan umum dan menghambat ruang partisipasi. Mengingat bahwa ilmu bersifat relatif, perbedaan dalam kerangka keilmuan adalah usaha untuk menemukan kebenaran yang baru lewat diskursus ataupun dialektika.

Maka kata Abdil, perbedaan pemikiran seharusnya ditanggapi dengan diskusi, perdebatan dan upaya saling mengkritik dalam kerangka keilmuan, bukan menyerang pribadi-pribadi karena tidak suka. "Argumentum ad hominem dalam SK tersebut, menghambat proses perkembangan keilmuan dan perlindungan terhadap orangutan secara optimal," katanya.

Ketiga, tindakan penerbitan surat tersebut telah menimbulkan dampak luas, kerugian dan masalah struktural lainnya. Hal ini sebagaimana diatur dalam Pasal 8 (1) UU No. 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi serta Komentar Umum The Committee on Economic, Social, and Cultural Rights Nomor 13 tentang Hak atas Pendidikan. Adapun terbitnya surat tersebut telah bertentangan dengan prinsip independensi sains yang merupakan fondasi pencarian kebenaran ilmiah yang objektif. Lebih lanjut, penerbitan tersebut juga telah menghalangi dan berpotensi menghalangi produksi pengetahuan yang bermanfaat bagi publik, terutama dalam hal ini yang berkaitan dengan konservasi satwa terancam punah yang penting bagi keseimbangan ekologi.

Keempat, surat KLHK tersebut mengakibatkan efek ketakutan dan kekhawatiran yang meluas bagi kalangan peneliti, diantaranya telah menghasilkan tindakan self censorship yang dapat merugikan kepentingan sains. Beberapa peneliti lokal dan lembaga penelitian di Indonesia, misalnya, yang sebelumnya bekerja sama dengan Erik Meijaard dkk dalam melakukan penelitian telah membatalkan kerja sama penelitian karena kekhawatiran akan terjadinya dampak yang sama dengan yang telah dialami oleh Erik Meijaard dkk.

Berdasarkan alasan tersebut, Tim Advokasi Kebebasan Akademik bersama Para Penggugat berpandangan bahwa gugatan ini menjadi penting sebagai sarana koreksi bagi kekuasaan pemerintah yang membatasi kebebasan akademik warga negaranya. 

Dalam gugatan, meminta pengadilan untuk dapat menyatakan bahwa tindakan penerbitan surat KLHK yang telah melanggar kebebasan akademik, mencederai independensi dan melanggar Asas-asas Umum Pemerintahan yang Baik (AUPB) sebagai tindakan melawan hukum.

Tidak hanya itu, Abdil menegaskan, gugatan ini juga meminta PTUN untuk memerintahkan Menteri LHK mencabut surat tersebut. Dan, mewajibkan Menteri LHK untuk tidak melakukan tindakan pemerintahan berupa penghalang-halangan maupun pembatasan hak publik. "Dalam hal ini, ini bentuk kebijakan anti-sains yang membatasi kebebasan akademik yang melanggar hukum serta Asas-Asas Umum Pemerintahan yang Baik," tutupnya.